Если в табеле задать сотруднику отпуск, то Яваре не должно считать статистику по данному сотруднику даже если он активен. Или же создать опцию где можно управлять данной возможностью. Если сотрудник формально в отпуске - работодателю пофиг, опоздал он или нет.